Anadolu'da yetişen büyük velîlerden. Harput'un Percenç köyünde 1803 (H.1218) senesinde doğdu. 1309 [m. 1891] de vefât etdi.

Babasının ismi Abdullah Efendidir. İlk tahsîlini Harput'ta yaptıktan sonra, ilim öğrenmek için İstanbul'a gitti. Fâtih Câmii etrâfındaki Sahn-ı Semân Medreselerinde ders gördü. İstanbul'da uzun bir tahsîl hayâtından sonra icâzet, diploma aldı ve Harput'a döndü. Harput Meydan Câmii Medresesinde ders verdi ve çok sayıda talebe yetiştirdi. Talebeleri üzerine çok titreyen Harputlu İshak Efendi; "Talebe, solmayan güle ve konuşan bülbüle benzer." buyururdu.

Harputlu İshak Efendi, Harput'ta iki sene kaldıktan sonra İstanbul'a giderek ilim öğrendiği medresede ders vermeye başladı. Sohbetlerinin tatlılığı ve ilminin yüksekliği ile kısa zamanda meşhur oldu. Zamânın sultânı Abdülazîz Han tarafından saraya dâvet edildi. Sultan ona huzur hocalığını verdi. Sultan Abdülhamîd Han zamânında İstanbul pâyeliği rütbesi verildi ve Evkaf Nezâretinde büyük bir komisyona üye oldu. 1855'te ise Dârülmaârif hocalığına getirildi.

Hıristiyanların; "İslâmiyet kılıç zoruyla yayıldı ve kabûl ettirildi." iddiâlarını değişik delillerle çürüten Harputlu İshak Efendi; "Saldırmakla, öldürmekle bu yüce din yayılmadı. Bu devletleri ayakta tutan, yaşatan büyük ve başlıca kuvvet; îmân, adâlet, doğruluk ve fedâkarlık kudretiydi. Ruslar, yüz yıldan beri istilâ ettikleri Kazan, Özbekistan, Kırım, Dağıstan ve Türkistan'da bulunan müslümanların küçük çocuklarından, en ihtiyarına kadar her ferd için senede birer altın almışlardır. Ayrıca askerlik yapmak, mekteplerde Türkçe konuşturmayıp, zorla Rusça öğretmek gibi çeşitli işkence ve zorlamalara rağmen bu kadar senedir Rusya'daki müslümanlardan kaç kişi hıristiyan olmuştur." buyurdu.

Yine protestanların; "Oruç tutmak gibi ağır bir yükü, insanlara yüklemek yerine, insanın yalnız bozuk, kötü niyetlerden ve bâtıl düşüncelerden kendini uzaklaştırmasını herkese tavsiye ederiz." sözlerine ise; "Allah tarafından gönderilen hak dînin ahkâmını insanlar değiştiremezler. Oruç, yalnız aç ve susuz kalmaktan ibâret değildir. Orucun bâtınî birçok hikmet ve faydaları vardır. İlâhî esaslar üzerine binâ edilmiş olan bir farzı papazların ve hiçbir kimsenin tahrif etmeye, değiştirmeye selâhiyeti yoktur. Oruç zâhirî ve lüzumsuz amel değildir."

Harputlu İshak Efendi buyurdu ki: "Akıl sâhibi olan herkesin açıkça gördüğü gibi, kâinâta ibret nazarıyla bakıldığında, bütün işlerin ve hallerin, bir düzen içinde değişmeyen kânunlara bağlı olduğu görülür. O kânunları koyan ve aynı şekilde hıfz eden bir yaratıcının, yâni vâcib-ül-vücûd olan Allahü teâlânın lâzım olduğu, aklı selîm sâhibi kimseler tarafından hemen anlaşılır. İşte cenâb-ı Hak, bu her şeyin ilk başlangıcı ve keyfiyeti, nasıl olduğu akıl ile anlaşılmayan ezelî ve ebedî olan mutlak yaratıcısıdır. O, bütün kemâlâtı ve üstünlükleri kendisinde toplamıştır."

Harputlu İshak Efendi, hastalanıp yatağa düşünce, talebeleri ve ziyâretine gelenler çok üzüldüler. Onlara; "Neden üzülüyorsunuz dostlarım? Gören de sizi hiçbir şey bilmez sanır. Ölüm mümine hediyedir. Ölüm Hakk'a kavuşmaktır. Ölüm, fânî âlemden göç etmektir. Ölüm yok olmak değildir. Bırakınız üzülmeyi ve ağlamayı. Ben seviniyorum, çünkü asıl vatanıma gidiyorum." buyurdu. 1891 (H.1309) senesinde İstanbul'da vefât etti. Fâtih Câmiinin kıble tarafındaki bahçeye defnedildi.

Harputlu İshak Efendi birçok eser yazmıştır. Bâzıları şunlardır: 1) Şems-ül-Hakika, 2) Zübde-i İlm-i Kelâm, 3) Es'ile ve Ecvibe-i Hikemiye, 4) Miftah-ül-Uyûn, 5) Es'ile ve Ecvibe-i Mecmuât-ül-Kavâid (4 cilt), 6) Kâşif-ül-Esrar, 7) Diyâ-ül-Kulûb; bilhâssa protestan papazlarının İslâmiyyete karsı yazmış oldukları haksız yazılarına ve iftirâlarına cevâbdır. Bu eser, türkce olup, (Cevâb veremedi) ismi ile, ingilizceye terceme edilmiş, her iki dilde, Hakîkat Kitâbevi tarafından basdırılmışdır.

Cevâb veremedi kitabında; Îsâ aleyhisselâma gönderilen ve hak kitâb olan İncîlin tahrîf edilmesi ile ortaya çıkan dört kitâb [Matta İncîli, Markos İncîli, Luka İncîli, Yuhannâ İncîli] hakkında bilgi vermekde, aralarındaki ihtilâfları açıklamakdadır. Kur’ân-ı kerîm ile İncîl karşılaştırılmakda, İncîlin tahrîf edildiği, hükümlerinin yürürlükden kalkdığı, Kur’ân-ı kerîmin bütün semâvî kitâbların hükümlerini yürürlükden kaldırdığı îzâh edilmekdedir. Îsevîlikdeki teslîs (üç tanrı) inancının yanlış olduğu, Allahü teâlânın bir olduğu, ilim ve kudret sıfâtları ilmî olarak açıklanmakdadır. Îsâ aleyhisselâmın insan ve Peygamber olduğu, ona tapılmıyacağı îzâh edilmekdedir. Yehûdîlik, Tevrât ve Talmud hakkında da bilgi verilmekdedir.